Sàn phòng sạch là một cân nhắc quan trọng khi thiết kế phòng sạch.Nó được thiết kế để giảm thiểu việc tạo hạt, tạo điều kiện làm sạch và duy trì tính toàn vẹn của môi trường phòng sạch.Các vật liệu sàn phổ biến nhất được sử dụng trong phòng sạch là nhựa vinyl, epoxy và polyurethane.

Cấu trúc của sàn phòng sạch thường bao gồm một lớp nền phụ, lớp dính và lớp vật liệu sàn trên cùng.Lớp trên cùng của vật liệu lát sàn nên được lựa chọn dựa trên loại phòng sạch và ứng dụng, cũng như độ bền và dễ lau chùi.Tất cả các vật liệu lát sàn phải là loại không đổ lông, ít xơ vải và có khả năng chống hư hại do dung dịch tẩy rửa gây ra.

Để duy trì sự sạch sẽ của sàn phòng sạch, điều quan trọng là phải tuân theo lịch trình vệ sinh và bảo trì thường xuyên.Tùy thuộc vào mức độ hoạt động và loại chất gây ô nhiễm hiện có, tần suất làm sạch và bảo trì có thể khác nhau.Tất cả việc vệ sinh phải được thực hiện bằng thiết bị chuyên dụng và dung dịch tẩy rửa, đồng thời mọi sửa chữa hoặc thay thế sàn phải được thực hiện bởi các chuyên gia được đào tạo.