Hệ thống HVAC yêu cầu sử dụng các bộ lọc để đảm bảo không khí luôn sạch và không có các hạt có hại.Có một số loại bộ lọc có sẵn, bao gồm bộ lọc cơ học, bộ lọc tĩnh điện và bộ lọc HEPA.Bộ lọc cơ học sử dụng rào cản vật lý để thu giữ các hạt, trong khi bộ lọc tĩnh điện thu hút và giữ các hạt thông qua điện tích tĩnh điện.Bộ lọc HEPA là hiệu quả nhất và có thể thu được các hạt nhỏ tới 0,3 micron.

Mức độ sạch của hệ thống HVAC đề cập đến lượng không khí sạch được đưa đến một không gian.Nó được đo bằng số lần thay đổi không khí mỗi giờ (ACH), là số lần không khí trong một không gian được thay thế hoàn toàn mỗi giờ.ACH được đề xuất cho không gian thương mại là khoảng 4-6, trong khi ACH cho bệnh viện và phòng thí nghiệm có thể cao tới 12-15.

Khi thiết kế hệ thống HVAC, điều quan trọng là phải xem xét các yếu tố như quy mô không gian, loại sức chứa và mức độ ô nhiễm không khí dự kiến.Thiết kế đường ống thích hợp và vị trí đặt các thanh ghi không khí cũng là những cân nhắc quan trọng.Hệ thống phải được thiết kế để phân phối không khí đều khắp không gian và ngăn ngừa sự tích tụ không khí tù đọng.