Có nhiều ngành công nghiệp mà bộ lọc HEPA trong phòng sạch đóng vai trò quan trọng trong việc đảm bảo độ tinh khiết của không khí và loại bỏ ô nhiễm tiềm ẩn.Phòng sạch công nghiệp được sử dụng trong y tế, dược phẩm, thực phẩm và đồ uống, và các ngành công nghiệp bán dẫn, trong số những ngành khác, để bảo vệ các sản phẩm và quy trình nhạy cảm khỏi nhiễm trùng trong không khí, các hạt siêu nhỏ và các chất ô nhiễm khác.

Trong bệnh viện, bộ lọc HEPA phòng sạch được sử dụng để tạo phòng mổ vô trùng và an toàn.Trong ngành công nghiệp dược phẩm và thực phẩm và đồ uống, các bộ lọc này được sử dụng để duy trì một môi trường tinh khiết không bị nhiễm vi sinh vật và hóa chất.Trong ngành công nghiệp bán dẫn, các bộ lọc này giúp giảm bụi và các hạt khác để loại bỏ mọi khả năng gây ô nhiễm trên dây chuyền sản xuất.